Ancien élève de l’École normale supérieure de Fontenay-Saint-Cloud et agrégé d’histoire, Frédéric Abécassis a enseigné en Égypte de 1989 à 1996 , puis dans les universités de Clermont-Ferrand, de Tours et enfin à l’École normale supérieure où il est maître de conférences en histoire contemporaine depuis 2000. Il a également assuré des missions d’enseignement au Yémen, en Algérie et au Maroc, ainsi qu’à l’INALCO et à l’IEP de Lyon. Après avoir assuré la codirection de la collection Sociétés, Espaces, Temps à ENS Éditions, il est devenu en 2012 rédacteur en chef de L’Année du Maghreb, revue de l’IREMAM (Aix-en-Provence).
Son doctorat a porté sur les structures du marché scolaire égyptien et ses fluctuations à l’époque libérale. Il a mis en évidence le rôle central de l’école dans les processus de constructions communautaires (entendues au sens de communautés « religieuses » et nationales). Il a publié de nombreux articles sur l’histoire de l’enseignement en Méditerranée et sur l’histoire de l’automobile en situation coloniale en Égypte et au Maroc. Les deux chapitres de synthèse qu’il a rédigés sur les juifs dans le monde musulman à l’époque contemporaine dans un ouvrage collectif de référence ont été en partie à l’origine du questionnement qui a abouti à l’organisation en 2010 d’un colloque international à Essaouira, publié en trois volumes sous le titre : La bienvenue et l’adieu, migrants juifs et musulmans au Maghreb.
Ses recherches actuelles portent sur l’histoire des diasporas post-coloniales au départ du Maghreb.